Michael Mader studierte in Klagenfurt bei Opernchef Robert Filzwieser und am Tiroler Landeskonservatorium Innsbruck bei Musikdirektor Edgar Seipenbusch Dirigieren und Klavier. Weiters besuchte er Meisterkurse in Wien, Weimar, Trier und Tanglewood, USA. Bereits mit 20 Jahren wurde er Chorleiter des Gemischten Chor Allerheiligen, einem renommierten Innsbrucker Konzertchor, und leitete diesen von 1994 bis 2002. Nach mehreren Jahren freischaffender Tätigkeit am Tiroler Landestheater in verschiedenen Bereichen wurde er im Jahr 2000 von KS Brigitte Fassbaender im Ensemble engagiert. Bis 2010 war Michael Mader als Kapellmeister und Maestro Suggeritore, ab 2008 auch als Studienleiter am Tiroler Landestheater tätig.
Im Jahr 2010 folgte er dem Ruf der Bayerischen Staatsoper, als Maestro Suggeritore ins dortige Ensemble zu wechseln. In der Saison 2014/2015 ist Michael Mader auch musikalischer Assisten von Constantinos Caridys bei der Produktion Pelléas et Melisande. Zu den von ihm dirigierten Orchestern zählen u.a. das Tiroler Symphonieorchester Innsbruck, die Stattskapelle Weimar, das Kärntner Sinfonieorchester, das Plovdiv Philharmonic, das Kosice Philharmonic sowie das Orchester des Musikgymnasiums Innsbruck und des Tiroler Landeskonservatoriums. Mit der von ihm und dem Geiger Walter Enko gegeründeten Kammerphilharmonie Tyrol betrieb er von 1999 bis 2008 einer eigenen Abozyklus in Innsbruck.